Theo Thông tư 01/2013/QĐ-KTNN, từ ngày 13/5, Chương trình mục tiêu Quốc gia sẽ thực hiện kiểm toán với 5 nội dung: Kiểm toán tình hình kinh phí và quyết toán kinh phí; Tính tuân thủ chính sách, chế độ, pháp luật của Nhà nước và cam kết với nhà tài trợ (nếu có); Kiểm toán công tác quản lý, chỉ đạo; Kiểm toán tình hình thực hiện nội dung, mục tiêu và Kiểm toán tính kinh tế, hiệu quả, hiệu lực của Chương trình.