Bên cạnh cam kết trong WTO, Việt Nam còn đưa ra cam kết khu vực về thuế quan đối với lương thực, cụ thể: Cam kết cắt giảm thuế nhập khẩu trong khuôn khổ Khu vực mậu dịch tự do ASEAN (AFTA): Bắt đầu thực hiện từ năm 1996 và cơ bản hoàn thành việc cắt giảm thuế nhập khẩu xuống 0-5% vào năm 2006; Cam kết cắt giảm thuế nhập khẩu trong khuôn khổ Khu vực mậu dịch tự do ASEAN - Trung quốc (ACFTA): Bắt đầu thực hiện từ năm 2004 và sẽ hoàn thành cắt giảm thuế xuống 0% vào năm 2008 đối với toàn bộ nông sản thô thuộc 8 chương đầu của biểu thuế. Chương trình cắt giảm thông thường được thực hiện từ tháng 7/2006, về cơ bản sẽ hoàn thành cắt giảm xuống 0-5% vào năm 2013 và 0% vào năm 2015. Khu vực mậu dịch tự do ASEAN Hàn quốc (AKFTA) bắt đầu thực hiện từ tháng 7/2007. Các Khu vực mậu dịch tự do giữa ASEAN với Nhật Bản, Ấn Độ, Úc và New Zealand đang được đàm phán. Những cam kết này được gọi chung là cam kết tự do hóa thương mại khu vực với mức độ cắt giảm thuế cao hơn và thời gian hoàn thành việc cắt giảm ngắn hơn so với cam kết trong WTO. Do vậy, sức ép hoặc tác động từ các cam kết khu vực thường lớn hơn so với cam kết WTO.

Hộp 1 – Cam kết thuế quan đối với lúa gạo trong các Hiệp định tự do khu vực Mức cam kết: Trong AFTA, Việt Nam đã giảm thuế nhập khẩu gạo xuống mức 5% từ 1/1/2006; Trong ACFTA, thuế gạo sẽ được giảm từ 40% (hiện hành) xuống 25% vào năm 2008,  5% vào năm 2013 và 0% vào năm 2015. Đánh giá mức độ cạnh tranh: Tham gia 02 cam kết trên có nhiều nước có tiềm năng xuất khẩu gạo như Trung quốc, Myamar, Campuchia, đặc biệt là Thái Lan - nước xuất khẩu gạo hàng đầu thế giới. Việt Nam được đánh giá là có khả năng cạnh tranh cao đối với các loại gạo chất lượng trung bình và thấp. Trong khi đó, các loại gạo chất lượng cao, đặc biệt là các loại gạo đặc sản, chất lượng cao sức cạnh tranh còn kém (ví dụ so với gạo Thái Lan). Với các cam kết nói trên, rất có khả năng lượng nhập khẩu các loại gạo đặc sản của Thái Lan vào Việt Nam sẽ tăng lên.

  Hộp 2 - Đánh giá về tác động của các cam kết khu vực đối với ngành ngô, khoai lang, sắn Trong khuôn khổ AFTA và ACFTA, Việt Nam cam kết giảm thuế nhập khẩu đối với khoai lang, sắn xuống mức thấp hơn nhiều so với mức thuế cam kết trong WTO. Tuy nhiên vì Việt Nam chủ yếu xuất khẩu sắn và nhu cầu nhập khẩu khoai lang không nhiều nên các cam kết khu vực này không có ảnh hưởng nhiều đến nông dân và các ngành sản xuất liên qua