Theo Hiệp định Nông nghiệp, trợ cấp trong nước đối với nông nghiệp được chia làm 03 nhóm với các cơ chế áp dụng khác nhau. Là thành viên WTO, Việt Nam sẽ phải tuân thủ các cơ chế này. Về cơ bản các loại trợ cấp này đều được phép thực hiện, nhưng theo các điều kiện và giới hạn cụ thể. Bảng 1 - Tóm tắt về các loại trợ cấp nội địa trong nông nghiệp

Loại trợ cấp	Tính chất - Nội dung	Cơ chế áp dụng
Trợ cấp “hộp xanh lá cây”	Phải là các trợ cấp: - Hầu như là không có tác động bóp méo thương mại; và - Không phải là hình thức trợ giá	Được phép áp dụng không bị hạn chế
Trợ cấp “hộp xanh lơ”	Hỗ trợ trực tiếp trong khuôn khổ các chương trình hạn chế sản xuất	Đây là các hình thức trợ cấp mà các nước phát triển đã áp dụng. Và dường như chỉ những nước này được phép áp dụng nhưng có điều kiện.
Trợ cấp “hộp hổ phách”	Các loại trợ cấp nội địa không thuộc hộp xanh lá cây và xanh lơ (trợ cấp bóp méo thương mại)	Được phép áp dụng trong mức nhất định gọi là "Mức tối thiểu". Phải cam kết cắt giảm cho phần vượt trên mức tối thiểu.
Nhóm trợ cấp trong chương trình “hỗ trợ phát triển sản xuất”	Ví dụ - Trợ cấp đầu tư; - Hỗ trợ “đầu vào” cho sản xuất nông nghiệp cho nông dân nghèo hoặc các vùng khó khăn; hoặc - Hỗ trợ các vùng chuyển đổi cây thuốc phiện.	Đây là sự ưu đãi đặc biệt và khác biệt dành cho các nước đang phát triển. Chỉ có các nước đang phát triển mới được quyền áp dụng biện pháp này mà không bị cấm